Berdasarkan amanat UUD Tahun 1945 Pasal 23 yang menyebutkan bahwa ‘Untuk memeriksa tanggung jawab tentang Keuangan Negara diadakan suatu Badan Pemeriksa Keuangan yang peraturannya ditetapkan dengan Undang-Undang’, maka dikeluarkan Surat Penetapan Pemerintah No.11/OEM tanggal 28 Desember 1946 tentang pembentukan Badan Pemeriksa Keuangan, pada tanggal 1 Januari 1947 yang berkedudukan di kota Magelang. Sebagai Ketua BPK pertama adalah R. Soerasno. Untuk melaksanakan tugas dan kewajibannya BPK masih menggunakan peraturan perundang-undangan yang dulu berlaku bagi pelaksanaan tugas Algemene Rekenkamer (BPK Hindia Belanda), yaitu ICW dan IAR.
Melalui Penetapan Pemerintah Nomor : 6 Tahun 1948 tanggal 6 Nopember 1948 tempat kedudukan BPK dipindahkan dari Magelang ke Yogyakarta, dengan Ketua R. Kasirman yang diangkat berdasarkan SK Presiden RI tanggal 31 Januari 1950 No.13/A/1950 terhitung mulai 1 Agustus 1949. Dengan dibentuknya Negara Kesatuan Republik Indonesia Serikat (RIS) pada tanggal 14 Desember 1949, dibentuk Dewan Pengawas Keuangan, berkedudukan di Bogor. Sebagai Ketua diangkat R. Soerasno mulai tanggal 31 Desember 1949.
Kemudian dengan terbentuknya Negara Kesatuan Republik Indonesia pada tanggal 17 Agustus 1950, maka Dewan Pengawas Keuangan RIS sejak tanggal 1 Oktober 1950 digabung dengan Badan Pemeriksa Keuangan berdasarkan UUDS 1950.
Sejak dikeluarkan Dekrit Presiden RI tanggal 5 Juli 1959, Dewan Pengawas Keuangan berdasarkan UUD 1950 kembali menjadi Badan Pemeriksa Keuangan berdasarkan Pasal 23 (5) UUD Tahun 1945. Untuk menyempurnakan BPK agar menjadi alat kontrol yang efektif maka pada tanggal 12 Oktober 1963, Pemerintah telah mengeluarkan Peraturan Pemerintah Pengganti Undang-undang No. 7 Tahun 1963 (LN No. 195 Tahun 1963) yang kemudian diganti dengan Undang-Undang (PERPU) Nomor : 6 Tahun 1964 tentang Badan Pemeriksa Keuangan Gaya Baru.
Selanjutnya dikeluarkanlah Undang-undang Nomor 17 Tahun 1965 yang antara lain menetapkan bahwa Presiden, sebagai Pemimpin Besar Revolusi pemegang kekuasaan pemeriksaan dan penelitian tertinggi atas penyusunan dan pengurusan Keuangan Negara. Ketua dan Wakil Ketua BPK RI berkedudukan masing-masing sebagai Menteri Koordinator dan Menteri.
Namun oleh MPRS dengan Ketetapan No.X/MPRS/1966 Kedudukan BPK RI dikembalikan pada posisi dan fungsi semula sebagai Lembaga Tinggi Negara. Sehingga UU yang mendasari tugas BPK RI diatur dengan UU No. 5 Tahun 1973 Tentang Badan Pemeriksa Keuangan.
Sedangkan berdasar Undang-undang No. 15 Tahun 2006 tanggal 30 Oktober 2006 tentang Badan Pemeriksa Keuangan, yang menggantikan UU Nomor 5 Tahun 1973, mengamanatkan bahwa BPK memiliki perwakilan di setiap provinsi, sehingga dipecahlah BPK Perwakilan di Yogyakarta menjadi BPK RI Perwakilan Provinsi DIY dan BPK RI Perwakilan Jawa Tengah.
KEPALA BPK PERWAKILAN DARI MASA KE MASA
BPK Perwakilan Provinsi D.I. Yogyakarta telah mengalami dua puluh periode kepemimpinan yaitu:
- R. Kasirman (1949 – 1955)
- R. Soemitro (1955 – 1961)
- R. Soemarjono (1961 – 1969)
- A.H. Pasaribu (1969 – 1976)
- R. Soedarsono (1976 – 1978)
- Drs. Soewandhi (1978 – 1981)
- Drs. Jasmadi Joedodibroto (1981 – 1982)
- H. Doeriat, B.A. (1982 – 1987)
- Harijanto, S.H., M.Si. (1987 – 1991)
- Drs. Untung Djokomarsono (1991 – 1996)
- Drs. Hasmoko (1996 – 1999)
- I Ketut Rudis, S.H. (1999 – 2002)
- Drs. Omo Dahlan (2002 – 2004)
- Dra. Evita Eriati M.M. (2005 – 2008)
- Sumardi, S.H. (2008 – 2010)
- Bambang Adi Putranto (April 2010 – September 2010)
- Sunarto, S.E. (September 2010 – 2014)
- Parna, S.E., M.M. (2014 – 2016)
- Yusnadewi, S.E., M.Si., Ak. (2016 – 2019)
- Andri Yogama S.E., M.M., Ak. (2019 – Februari 2020)
- Dra. VM Ambar Wahyuni, M.M., CSFA., Ak (Februari 2020 – September 2020)
- Jariyatna, S.E., M.M., Ak., CPA., CSFA., CPSAK (Oktober 2020 – Agustus 2022)
- Widhi Widayat, S.E., M.Si., CA, CSFA, Ak. (September 2022 – Agustus 2024)
- Agustin Sugihartatik, S.E., M.M. (September 2024 – Sekarang)